Yaris Cross kasutab Toyota uusimat neljanda põlvkonna hübriidtehnoloogiat, mis on loodud perekonna suuremate mudelite 2,0- ja 2,5-liitrise mootoriga jõuallikate baasil.
Kolmesilindriline 1,5-liitrise töömahuga mootori hõõrde- ja muid mehaanilisi kadusid on oluliselt vähendatud ning kütuse põlemiskiirust optimeeritud. Tulemuseks saadi madalatel pööretel suurt pöördemomenti arendav kütusesäästlik jõuallikas.
Mootori kasutegur on 40%, ületades sellega võrreldavate omadustega diiselmootoreid, olles nii kütusesäästlik kui ka väiksema CO2 heitkogusega. Uue hübriidjõuallika tippvõimsus on 116 hobujõudu (DIN).
